К моменту занятия Российской империей территории Средней Азии Бухарский эмират был одним из трех существовавших здесь крупных государств. Другими двумя были Хивинское ханство, расположенное в низовьях Амударьи, на территории исторического Хорезма, а также Кокандское ханство, центр которого находился в Ферганской долине.

К XIX веку Средняя Азия была сравнительно бедной территорией, здесь уже почти ничего не напоминало о былом величии времен того же Тамерлана или более раннего государства хорезмшахов. Главной причиной этого было практически полное прекращение к этому моменту функционирования Великого Шелкового пути. Примерно с XVI–XVII веков торговля между Европой и Азией окончательно переходит в руки европейцев и осуществляется исключительно по морским путям. В результате Средняя Азия из важной транзитной территории становится периферией исламского мира.

Все три государства, Бухара, Хива и Коканд, были созданы элитами узбекских племен, которые сменили у власти прежних ханов из числа чингизидов. В Бухаре, которая в период расцвета занимала территории нынешнего Таджикистана, кроме той ее части, которая была расположена в Ферганской долине, север Афганистана от гор Гиндукуш до реки Пяндж и часть территории Узбекистана с ключевыми городами Бухара и Самарканд, у власти находились эмиры из мангытской династии.

Военную элиту составляли выходцы из узбекских кочевых племен, основное население, говорившее как на тюркском, так и таджикском языках, входило в социальную прослойку райа, обязанностью которого было платить налоги, в то же время свою личную гвардию эмиры пополняли за счет выходцев из различных кочевых племен. В XVIII–XIX веках среди них было много туркмен из племени эрсари, которые ранее были вытеснены из Мангышлака и обосновались в районе нынешнего туркменского Лебапа, который также входил в состав Бухарского эмирата. Именно здесь сегодня добывается практически весь туркменский газ.

Бухарский эмират был в Средней Азии самым крупным государством и позже всех столкнулся с Российской империей, которая в XIX веке установила свою власть над большей частью региона. Если Кокандское ханство было в итоге ликвидировано, а Хивинское попало в полную зависимость от российской власти, Бухара сохранила некоторую автономию, хотя и вынуждена была передать России контроль над некоторыми территориями, включая Самарканд. Фактически Бухарский эмират был своего рода буферной территорией между зонами влияния Российской и Британской колониальных империй, которые вели борьбу на ближайших подступах к Британской Индии. Хотя эмиры понимали реальную расстановку сил и признавали доминирующее влияние России.

До революции эмират находился под протекторатом России. На его территории создавались русские поселения, на которые не распространялась юрисдикция Бухары. Это было нечто вроде европейских сеттльментов, которые в колониальную эпоху существовали в Азии повсеместно. Одновременно в Бухаре был широко представлен российский капитал, здесь развивалось производство товарного хлопка, строилась железная дорога. Сам эмир Сеид Алим-хан окончил Петербургский пажеский корпус.

После революции 1917 года в России эмират оказался предоставлен сам себе. Однако уже в марте 1918 года тогдашний председатель Совета народных комиссаров Туркестанского края авантюрист Федор Колесов с отрядом красноармейцев организовал вооруженное нападение на Бухару, это спровоцировало начало конфликта, сопровождавшегося погромами мирного населения, как бухарского, так и русского.

Хотя по эмирату был нанесен серьезный удар, а антироссийские настроения среди местных военных и населения были весьма велики, осторожный Сеид Алим-хан предпочел избежать военного конфликта. Несмотря на настойчивые просьбы представителей Великобритании и уговоры со стороны руководства белых движений из Сибири и Закаспия, Бухара тем не менее не вступила в войну против Советской России и не ударила в тыл Советского Туркестана, изолированного во время Гражданской войны от центральных районов. Вполне возможно, что в этом случае советская власть в Ташкенте, в распоряжении которой было меньше чем десяток тысяч бойцов, разбросанных на огромной территории от Хивы до Семиречья, не смогла бы удержаться.

Сразу после победы над белыми в Сибири, а также на Закаспийском фронте и укрепления советской власти в Туркестане в 1919 году, казалось, что такая осторожная позиция бухарских властей будет должным образом оценена. Однако уже в марте 1920 года советские войска неожиданным ударом заняли Хивинское ханство, провозгласив здесь Хорезмскую республику. В Бухаре серьезно обеспокоились, кроме того, в русских поселениях на территории эмирата нашли убежище так называемые младобухарцы, сторонники модернистского движения в Туркестане, известного под именем джадиды. В самом общем смысле джадиды выступали за модернизацию жизни традиционного мусульманского общества, против местной аристократии, за единый Туркестан, по своим воззрениям они были близки к основателям Пакистана и Индии Али Джинна и Джавахарлалу Неру. Но в отличие от последних джадиды не могли опираться на созданные британцами институты: суды, армию, университеты, самостоятельно справиться со старой аристократией они не могли. Поэтому они искали поддержки у российских революционеров.

Последние хотя и поддерживали младобухарцев, тем не менее постарались успокоить правительство эмира. Советские представители в Бухаре Аксельрод и Гуревич уверяли Алимхана, что настала «пора дружбы». 30 марта 1920 года Фрунзе во время личной встречи с эмиром утверждал, что Россия «в величайшей степени заинтересована в территориальной неприкосновенности Бухары».

В то же время секретные директивы предписывали усилить гарнизоны в русских поселениях на территории Бухары. 7 мая Аксельрода отзывают из Бухары, обвинив его «в чересчур мягкой политике», а его полномочия передают стороннику военного решения бухарского вопроса Луцевичу-Зарембе. 13 мая уполномоченный наркома иностранных дел в Туркестане Гопнер получает приказ составить жесткие «тезисы о политической линии поведения в отношении Бухары». 22 мая политбюро ЦК Российской компартии по представлению Карахана приняло решение поддержать бухарских революционеров.

За несколько дней до этого, 18 мая, советские войска высадились на севере Ирана, где они создали марионеточную Персидскую советскую республику. В то же время 31 мая в Лондоне начались первые советско-британские торговые контакты. В условиях продолжающейся Гражданской войны, в которой Великобритания поддерживала одну из противоборствующих сторон, это был четкий сигнал, что Лондон не прочь договориться. Естественно, что активное продвижение советских войск в Азии, где у Великобритании были серьезные интересы, являлось одной из тем для обсуждения. Очевидно, что британцы могли пойти на компромисс в отношениях с Советской Россией в обмен на прекращение дальнейшей советизации на Востоке. Троцкий и Ленин считали, что это может быть предметом для торга, однако многие коммунисты были настроены очень решительно. Известный коммунист Сокольников утверждал в эти дни, что главной целью Советской России должно стать продвижение к Персидскому заливу и Месопотамии. В то время как другой революционер Геллер заявлял, что надо сначала все силы бросить на Бухару, затем на Персию, а потом на Индию.

В Бухаре не могли не знать об общей ситуации, здесь поддерживали контакты с британцами и афганцами. Поэтому главная задача для эмира заключалась в том, чтобы не провоцировать Советскую Россию и тем самым протянуть время до того момента, пока контакты между Москвой и Лондоном не приведут к какому-то компромиссу. Соответственно, эмир пытался предотвратить конфликт, он удовлетворял все требования Ташкента, в июле направил чрезвычайное посольство в Москву, снял свою просьбу прекратить поддерживать младобухарцев.

Но в Москве также понимали, что в преддверии предстоящих договоренностей с британцами нужно иметь на руках как можно больше козырей, с тем чтобы потом можно было торговаться. А так как Бухара казалось легкой добычей, то занять ее территорию означало усилить свои позиции в стратегически важном для Лондона районе перед началом глобальных переговоров.

С июля в туркестанской прессе начинается пропагандистская кампания против Бухары, в которой эмира обвиняют во всех грехах, печатают письма возмущенных бухарцев, сомневаются в легитимности его власти. Один заголовок в ташкентских «Известиях» был очень красноречив – «Этому нужно положить конец». Одновременно Фрунзе пишет в Москву письмо, где указывает, что «все силы должны быть употреблены на то, чтобы ответственность за события легла на бухарское правительство». 30 июля в Ташкенте на заседании военного бюро он заявляет, что операция против Бухары планируется на 15–20 августа и должна закончиться за один день.